Setiap tahun SMP Muhammadiyah 3 Samarinda selalu membuka Pendaftaran Peserta Didik Baru, Dengan penuh semangat dan tanpa lelah Panitia Penerimaan Peserta Didik Baru bekerja keras mencari siswa dengan cara bersilaturrahmi dengan kepala – kepala sekolah Dasar maupun Madrasah Ibtidaiyyah di lingkungan sekitar SMP Muhamadiyah 3 Samarinda, dan juga dengan membagikan brosur-brosur serta formulir pendaftaran SMP Muhammadiyah 3 serta memasang spanduk di sekolah-sekolah dasar maupun di titik-titik ramai yang banyak masyarakat melihat.
Dan Alhamdulillah usaha dan doa tidak menghianati perjuangan bapak ibu guru serta Panitia dalam mencari siswa – siswi baru, pada tahun Pelajaran 2020/2021 banyak siswa-siswi lulusan sekolah dasar maupun madrasah ibtidaiyah yang mendaftar di SMP Muhammadiyah 3 Samarinda, bahkan beberapa dari pendaftar ada yang berdomisili jauh dari lokasi SMP Muhammadiyah 3 Samarinda.
Setelah para pendaftar baru di terima menjadi siswa dan siswi di SMP Muhammadiyah 3 Samarinda, Untuk mengenalkan tentang bagaimana, dan apa saja yang ada di SMP Muhammadiyah 3 maka di adakanlah kegiatan Pengenalan Lingkungan Sekolah (PLS) agar siswa-siswi baru bisa lebih mengenal SMP Muhammadiyah 3 Samarinda.
