Dari beberapa mata pelajaran yang di ajarkan di SMP Muhammadiyah 3 Samarinda, di antaranya adalah mata pelajaran Pendidikan Jasmani, Olah Raga dan Kesehatan. Mata Pelajaran PJOK yang di ampu oleh Bapak Muhammad Iqbal. S.Pd adalah salah satu mata pelajaran yang di senangi oleh siswa siswi SMP Muhammadiyah 3 Samarinda karena di samping mereka bisa berolahraga dan mempraktekkan olah raga yang mereka senangi mereka juga senang karena belajar sambil praktek.
SMP Muhammadiyah 3 Samarinda sebagai salah satu SMP terbaik di Samarinda, yang banyak meluluskan alumni-alumni terbaiknya. sebelum kelulusan siswa siswi kelas XI mengikuti ujian akhir yang di adakan sekolah, dan sebelum ujian sekolah biasanya guru-guru mengambil nilai praktek mereka sebagai tambahan nilai bagi mereka.
salah satu mata pelajaran yang mengambil nilai praktenya adalah Pendidikan Jasmani, Olah raga dan Kesehatan, dimana siswa siswi diminta untuk mempraktekkan salah satu / beberapa dari materi yang disampaikan.
