Setiap tahun SMP Muhammadiyah 3 Samarinda membuka pendaftaran peserta didik baru, dan untuk tahun pelajaran 2022/2023 ini SMP Muhammadiyah 3 membuka pendaftaran Peserta Didik Baru dengan dua gelombang yaitu : Gelombang pertama dari bulan Januari – April dan Gelombang kedua di Bulan Mei – Juli 2022.
Pendaftaran Peserta Didik Baru SMP Muhammadiyah 3 bisa melalui offline setiap hari kerja dari pukul 08.00 – 12.00 maupun melalui online dengan mengisi formulir di link http://bit.ly/formulir_PendaftaranPesertaDidikBaru_smpm3.
salah satu kegiatan yang dilakukan Panitia Penerimaan Peserta Didik Baru agar banyak orangtua yang memasukkan anaknya ke SMP Muhammadiyah 3 Samarinda adalah dengan mengunjungi dan membagikan brosur-brosur pendaftaran di Sekolah – sekolah Dasar (SD) dan Madrasah Ibtidaiyyah (MI) di sekitar SMP Muhammdiyah 3 Samarinda. Dan juga memasang spanduk – spanduk yang berisi informasi tentang pendaftaran SMP Muhammadiyah 3 Samarinda.
